Udlægning af landbrugsarealer til biodiversitet kan udløse skærpede naturbeskyttelseskrav, som ikke tydeligt fremgår af udkastet til vejledning om tilskud. Når et areal omlægges til fx brak, markbræmmer eller småbiotoper, kan det blive omfattet af naturbeskyttelsesloven og artsfredningsbekendtgørelsen. Beskyttelsen af Habitatdirektivets bilag IV-arter efter naturbeskyttelsesloven § 29 a og artsfredningsbekendtgørelsen § 10 gælder straks, når en beskyttet art indfinder sig.
Tilbageførsel til dyrkning kan derfor kræve dispensation efter naturbeskyttelsesloven § 65, stk. 3, eller artsfredningsbekendtgørelsen § 12. For at styrke forudsigelighed og gennemsigtighed anbefales det, at vejledningens afsnit “Andre regler, du skal kende” udtrykkeligt nævner disse konsekvenser og relevante hjemler. Landbrugere og rådgivere bør indarbejde disse risici i planlægningen og søge tidlig dialog med myndighederne, når tilskud søges eller arealdrift ændres.
